Bachelor - Bioinformatik - Københavns Universitet

1. Ansøgere til bacheloruddannelsen i bioinformatik skal opfylde følgende adgangskrav:

En adgangsgivende eksamen

• med mindst 6,0 i gennemsnit (kun i kvote 1)


• sammen med KU's kvote 2-interview (kun i kvote 2)

Desuden skal ansøgere have bestået disse fag både ved ansøgning i kvote 1 og kvote 2:

• Dansk A


• Engelsk B


• Matematik A


• Samt en af følgende kombinationer:

• Fysik B og Kemi B


• Fysik B og Bioteknologi A


• Kemi B og Geovidenskab A


• Kemi B, Biologi A og Fysik C

Alle fag skal være bestået, uanset om der ansøges i kvote 1 eller kvote 2.

Et godt niveau i dansk og engelsk (Dansk A og Engelsk B) er en nødvendig forudsætning for at kunne følge med i undervisningen på bacheloruddannelsen i bioinformatik. De matematiske fag på første år af bacheloruddannelsen i bioinformatik (matematik, statistik og lineær algebra) vil tage udgangspunkt i et matematisk forståelsesniveau svarende til Matematik A fra gymnasiet. Derudover er det ligeledes en vigtig forudsætning, at de nye studerende på bacheloruddannelsen i bioinformatik har en god forståelse for de naturfaglige fag, hvorfor der er krav om en kombination af enten Fysik B og Kemi B, Fysik B og Bioteknologi A, Kemi B og Geovidenskab A eller Kemi B, Biologi A og Fysik C.

2. Bacheloruddannelsen i bioinformatik giver direkte adgang til kandidatuddannelsen i Bioinformatics.

Bacheloruddannelsen i bioinformatik kan give adgang til kandidatuddannelsen i Computer Science, såfremt konkrete begrænset valgfrie/valgfrie fagelementer er en del af den gennemførte bacheloruddannelse.

For optagelse på kandidatuddannelsen i Computer Science er der krav om, at de studerende skal have kendskab til to programmeringsparadigmer, diskret matematik og high performance computing. Det vil således være muligt at blive optaget på kandidatuddannelsen i Computer Science, hvis de studerende vælger følgende begrænset valgfrie/valgfrie fagelementer på år 2 og 3:

• NDAB19002U Diskret matematik og formelle sprog (Blok3)


• NDAB20003U Databaser og informationssystemer (Blok 4)


• NDAB15009U Programmering og problemløsning (Blok 1+2)


• NDAB20001U High Performance programmering og systemer (Blok 2)

Desuden forventes det, at uddannelsen vil kunne give adgang til MSc Bioinformatik (AU), og MSc ­­­ Bioinformatics and Systems Biology (DTU).

3. Retskrav opnås til kandidatuddannelsen i Bioinformatics

Formål: At rekruttere flere studerende til bioinformatikområdet og levere dygtige danske dimittender til kandidatuddannelsen i Bioinformatics (KU), hvilket historisk har været en udfordring.
At uddanne BSc dimittender med ekspertise i bioinformatik og indsigt i biologi og biokemi samt forståelse for sammenhængen mellem det eksperimentelle, data-genereringen og dataanalysen.

Erhvervssigte:

1. Med kompetencer i programmering og dataanalyse og god biologisk forståelse kan BSc dimittender udfylde jobs i ikke-forskningstunge sammenhænge i industri og offentlige erhverv, men hovedparten forventes gå videre til MSc.


2. Med baggrund i biologi og datalogi vil BSc dimittender have et optimalt udgangspunkt for videreuddannelse. En MSc dimittend i Bioinformatics kan udfylde jobs i medicinalindustrien, den bioteknologiske industri, biotek start-ups og på hospitaler. En del forventes at videreuddanne sig til Ph.d.-niveau og tilegne sig en forskerprofil.


3. BSc dimittender, der ønsker at specialisere sig i datalogisk retning, kan tage MSc i Computer Science. Disse MSc dimittender vil have stærke profiler til jobs i medicinalindustrien, den bioteknologiske industri og hospitaler og andre sektorer.

Uddannelsen består af 135 ECTS obligatoriske fagelementer inklusive et bachelorprojekt, 30 ECTS begrænset valgfrie fagelementer og 15 ECTS valgfrie fagelementer. Kassogram for uddannelsen fremgår af bilag 1.

Obligatoriske fagelementer

NBIB13010U Grundlæggende biovidenskab (7,5 ECTS)
Mål: De studerende skal introduceres til principper og centrale emner inden for moderne biologi, herunder en indføring i levende organismers form og funktion, cellebiologi, molekylærbiologi og genetik.

Indhold: Levende organismers form og funktion, cellebiologi, molekylærbiologi og genetik.

NBIB20000U Python Programming for Data Science (7,5 ECTS)
Mål: De studerende skal introduceres til programmering i Python, med fokus på databehandling og analyse og tilegne sig tekniske færdigheder, som grundlæggende programmeringskoncepter og evnen til at navigere i en Unix-terminal.

Indhold: Basal programmering i Python, inklusive emner som datatyper, loops, funktioner, objektorienteret programmering, regular expressions, og kendskab til Unix/Linux-terminal.

NMAB13022U Introduktion til matematik for de kemiske fag (MatIntroKem) (7,5 ECTS)
Mål: De studerende skal opbygge kendskab til centrale matematiske begreber, objekter og formler, samt evnen til at anvende deres viden praktisk.

Indhold: Komplekse tal, talfølger, kontinuitet, differentiabilitet og integration af funktioner, taylorapproksimation, ekstremumsundersøgelser, samt anvendelse af Maple.

Biokemi Nyt kursus (7.5 ECTS)
Mål: De studerende skal opbygge en grundig forståelse for biokemiske reaktioner og molekylære interaktioner, samt DNA, RNA og protein modifikationer.

Indhold: Basal kemi, reaktioner, katalyse, molekylære interaktioner, energiomsætning, biologiske polymerer.

Molekylærbiologi Nyt kursus (7.5 ECTS)
Mål: De studerende skal opbygge en grundig forståelse for regulatoriske principper og mekanismer i forskellige organismer, samt indsigt i molekylære metoder.

Indhold: Replikation, transskription og translation, genregulering i forskellige organismer, cellebiologi, virologi.

Statistik Nyt kursus (7,5 ECTS)
Mål: De studerende skal opbygge en god forståelse for databehandling, statistik og sandsynligheder, samt evnen til at udføre praktiske statistiske analyser i R. Hovedfokus vil være på at give de studerende en basis for at kunne udvikle statistiske modeller for data af biologisk og/eller medicinsk relevans.

Indhold: Introduktion til R programmering, sandsynlighedsregning og fordelinger. Brug af maximum likelihood og Bayesiansk inferens, statistiske tests, estimatorer og usikkerheds intervaller.

NMAB15002U Lineær algebra i datalogi (7,5 ECTS)
Mål: De studerende skal beherske fundamentale metoder og algoritmer i lineær algebra og kunne identificere og løse almene lineære problemer vha. matricer.

Indhold: Ligningsløsning, Gauss-elimination, egenvektorer, matrixregning, ortogonalitet, determinant, egenværdier, komplekse tal og diagonalisering.

NBIA04038U Evolutionsbiologi (7,5 ECTS)
Mål: De studerende skal tilegne sig viden om begrebsapparatet og den forskning, der anvendes inden for evolutionsbiologi og være i stand til at forklare evolutionære processers indvirkning på organismer og biologiske molekyler.

Indhold: Evolution, adaptationer, forplantningssystemer, genetisk diversitet, evolutionære processer.

Biologisk sekvensanalyse Nyt kursus (7,5 ECTS)
Mål: De studerende skal forstå den teoretiske baggrund for biologisk sekvensanalyse, samt erhverve evnen til at anvende eksisterende metoder og udvikle deres egne algoritmer til sekvensanalyse.

Indhold: Alignment for biologiske sekvenser (DNA, RNA, proteiner), Hidden Markov Models (HMMs) for forskellige typer af applikationer, motiv detektion, genom assembly, databasesøgning og datahentning.

Machine Learning Nyt kursus (7,5 ECTS)
Mål: De studerende skal forstå den teoretiske baggrund for machine learning og de anvendte algoritmer, samt være i stand til at implementere forskellige typer af machine learning på en måde, der tager højde for og undgår gængse faldgruber indenfor området.

Indhold: Klassifikation, regression, forskellige algoritmer, PCA analyse, clustering, Random Forests, neurale netværk og introduktion til Deep Learning, forskel mellem korrelation og kausalitet.

NBIK15013U Genome Sequence Analysis (7,5 ECTS). Dette kursus vil blive udbudt i to versioner, en for de bioinformatik BSc studerende og en for MSc studerende i Biologi / Biokemi / Molekylær biomedicin.

Mål: De studerende skal forstå og beherske metoder til praktisk analyse af genom og transskriptions sekventeringsdata, inklusive detektion af genom varianter og kvantificering af ekspression på transskript- og genniveau.

Indhold: Praktisk analyse af store sekventerings datasæt, RNA-Seq data analyse, metoder for detektion af gen varianter, sekventeringsmetoder.

Metagenomic Analysis of Microbiomes Nyt kursus (7,5 ECTS)
Mål: De studerende skal opbygge en grundig forståelse af og praktisk erfaring med de bioinformatiske analyser, der bruges til at studere mikrobiomer i og på planter, dyr og mennesker.

Indhold: Mikroorganismer og forskellige mikrobiomer i nøglehabitater fra havene til den menneskelige tarm. Kvalitetskontrol, metagenomisk binning, sekventeringsbaseret taksonomi og funktionel analyse, genom assembly og statistisk analyse med R.

NDAA04010U Algoritmer og datastrukturer (7,5 ECTS)
Mål: De studerende skal stifte bekendtskab med forskellige algoritmiske paradigmer, samt introduceres til en række analyseværktøjer der kan medvirke til at optimere algoritmer (korrekthed, køretid, pladsbehov).

Indhold: Sorteringsalgoritmer, grafalgoritmer, dynamisk programmering, grådige algoritmer, korrekthedsbeviser.

Deep Learning Nyt kursus (7,5 ECTS)
Mål: De studerende skal kende til og forstå forskellige typer neurale netværk, og være i stand til at udvælge metoder til at løse deep learning problemer, samt designe og træne deep learning algoritmer

Indhold: Convolutional neural networks, recurrent neural networks, generative neural networks, deep learning teori, Boltzmann machines, deep reinforcement learning.

Sygdomssystembiologi og Health Data Science Nyt kursus (7,5 ECTS)
Mål: De studerende skal opbygge kendskab til metoder der anvendes til integration af komplementære omics data og kliniske data (machine learning, big data mining), og en teoretisk basis for at forholde sig kritisk til sygdomsrelevante omics-varianter samt forstå, hvordan disse bidrager til diagnose, prognose og behandlingsvalg.

Indhold: System biologi, praktisk analyse af datasæt i sundhedsvidenskabelig forskning.

NNDB19000U Datalogiens videnskabsteori (7,5 ECTS). Kurset vil tage udgangspunkt i kurset for dataloger, men vil beskæftige sig med biologiske problemstillinger.

Mål: De studerende skal opbygge forståelse for de metoder, naturvidenskaben benytter til at generere ny viden og hvordan videnskabelig viden står i relation til ydre samfundsforhold af juridisk, etisk og politisk karakter.

Indhold: Naturvidenskabens metoder, grundlæggende etiske teorier, basis for redelig forskning, kunstig intelligens, bioetiske overvejelser vedr. genomsekventering.

Bachelorprojekt i bioinformatik (15 ECTS)
Mål: De studerende skal inden for et selvvalgt fagområde lave en problemformulering omhandlende en problemstilling, der kan løses vha. bioinformatik og formidle resultaterne af projektet under anvendelse af fagområdets terminologi, både skriftligt og mundtligt.

Indhold: Projektarbejde internt eller eksternt.

Begrænset valgfrie fagelementer

NDAB19002U Diskret matematik og formelle sprog (7,5 ECTS, blok 3C, nødvendig for optagelse på MSc Computer Science)
Mål: De studerende skal kunne udvælge og benytte matematiske metoder og værktøjer til at løse datalogiske problemstillinger, herunder specielt udføre formelle logiske operationer på matematiske udsagn.

Indhold: Introduktion til diskret matematik, algoritmer, datastrukturer og formelle sprog

NDAB20001U High Performance programmering og systemer (7,5 ECTS, blok 2A, nødvendig for optagelse på MSc Computer Science)
Mål: De studerende skal kunne reflektere over den praktiske ydeevne og programmere i lavniveau systemprogrammeringssprog, såsom C, samt benytte relevante udviklingsværktøjer, koncepter og teknikker inden for systemprogrammering.

Indhold: Computerarkitektur og datanetværk, hukommelsesarkitektur, styresystemer, task-parallelisme og samtidighed, massivt data-paralleliserede arkitekturer, C programmering.

NDAB15009U Programmering og problemløsning (PoP) (15 ECTS, blok 1A+2A, nødvendig for optagelse på MSc Computer Science)
Mål: De studerende skal kunne forstå grundlæggende programmeringsparadigmer og god programmeringsskik. De skal ud fra en præcist defineret problemformulering kunne analysere problemet, udforme et program til løsning af dette, samt verificere, afprøve, og dokumentere løsningen.

Indhold: Introduktion til programmering og til hvordan problemløsning struktureres vha. et program. Koncepter og terminologi inden for programmering. Funktionelle, imperative og objektorienterede programmeringsparadigmer.

NDAB21010U Databases and Information Systems (DIS) (7,5 ECTS, blok 4A, nødvendig for optagelse på MSc Computer Science)
Mål: Students will develop a good understanding of technical database concepts, entity-relationship relational data modeling and database query languages. They will be able to implement database applications as well as participate in software development.

Indhold: Basic database concepts such as relational databases, normal forms, and transactions. In addition, the course covers system development (basic software development), version control, and includes the practical development of a smaller system, such as a web system or mobile system.

NDAB18002U Matematisk analyse og sandsynlighedsteori i datalogi (MASD) (7,5 ECTS, blok 1A)
Mål: De studerende skal kunne beskrive og løse videnskabelige problemer ved hjælp af analytisk og numerisk løsning af optimeringsproblemer. De skal kunne oversætte problemstillinger, der involverer usikkerhed eller tilfældighed til sandsynlighedsteoretiske problemstillinger, som derefter kan analyseres matematisk.

Indhold: Introduktion til analyse i en og flere variabler, inklusive anvendelser i signal- og billedanalyse, introduktion til sandsynlighedsteori.

NBIA06019U Protein Science C (ProtSciC) (7,5 ECTS, blok 1A)
Mål: Students will be able to describe details and methods in protein characterization and to evaluate experimental results from studies of protein structure and protein structure-function.

Indhold: Protein chemistry methods and strategies, protein structures and structure determination, folding and misfolding, proteome analysis. Protein physics, thermodynamics, protein-protein interactions, protein design and engineering, protein dynamics, misfolding and disease.

NBIB15008U Microbial Biotechnology (7,5 ECTS, blok 3C)
Mål: Students will understand areas of microbial biotechnology research and the molecular and microbiological methods, which are prerequisites for this research. They will be able to describe selected biotechnological processes related to microorganisms and get acquainted with selected Danish biotechnology companies, and their focus areas and innovation paths.

Indhold: Microorganisms in biotechnological processes. Prokaryotic and eukaryotic microorganisms as cell factories for production of industrial enzymes, bioenergy and pharmaceuticals. Methods used to improve microbial strains, products and processes in biotechnology.

NFYA09016U Biological Networks (BioNet) (7,5 ECTS, blok 2C)
Mål: Students will be able to explain networks and information processing in living systems, including physics of gene regulation, and dynamics on biological networks.

Indhold: Physics of gene regulation, models for decision processes inside cells, bi-stability in genetic systems, response dynamics, oscillations, virus-bacteria games, and how these play out in microbial ecosystems.

NBIB10011U Biologiske forsøg: Design og analyse (Bioforsøg) (7,5 ECTS, blok 1A)
Mål: De studerende skal blive fortrolige med den videnskabelige metode og de forskellige faser i arbejdet, inklusive opstilling af testbare hypoteser og planlægning og udførelse af forsøg, statistisk analyse og rapportering.

Indhold: Den videnskabelige metode, testbare hypoteser, planlægning af forsøg, simple statistiske tests, udfærdigelse af rapport med konklusion.

NBIA04015U Plant Molecular Biology (PlantMolBiol) (7,5 ECTS, blok 4A)
Mål: Students will be introduced to the development and anatomy of the model plant Arabidopsis and other model plants and crops. They will be able to discuss the advantages and disadvantages of genetically modified plants, design experiments to test scientific models, and explain results of forward and reverse genetic screens.

Indhold: Reproductive and vegetative development, screens, genome analysis and gene regulation, light and hormone signaling, plant environmental stress and disease.

NBIA04035U Menneskets fysiologi (Fysiologi) (7,5 ECTS, blok 2B)
Mål: De studerende vil blive introduceret til forskellige fysiologiske emner og deres samspil og kan gøre rede for menneskelegemets opbygning og funktion af de enkelte organer.

Indhold: Nerver, muskler, sanser, respiration, energistofskifte, hormoner, fordøjelse og nyrer. Simple fysiologiske relevante beregninger.

NBIB10009U Gene Technology (Gentek) (15 ECTS, blok 1)
Mål: The students will develop a detailed understanding of theoretical and practical modern gene technology based on designing and performing their own experiment in small teams.

Indhold: Gene technology methods, genome- and cDNA libraries, screening of libraries, production of transgenic animals, heterologous expression and practical work including cloning, site-directed mutagenesis, real-time PCR, reporter genes, affinity purification of fusion proteins, pull-down experiments, fluorescence microscopy.

NBIB14019U Immunology (Immun) (15 ECTS, blok 2)
Mål: The student will be introduced to mammalian immune systems and how complex organisms defend themselves against pathogenic microbes, parasites and viruses and develop a good understanding of the key elements in the development, activation and regulation of immune systems.

Indhold: Presentation of original literature, Invited seminars from the biopharmaceutical industry, adaptive immunity, how innate immune systems work, autoimmunity, allergy, immune defects and tumor immunology.

Uddannelsens forskningsmæssige basering
Den nye bacheloruddannelse i bioinformatik er baseret på de stærke faglige miljøer på Biologisk Institut (BIO) og Datalogisk Institut (DIKU) på Københavns Universitet. Derudover bidrager Institut for Naturfagenes Didaktik (IND) og Institut for Matematiske Fag (MATH) med undervisning på uddannelsen. Endeligt indgår de bioinformatiske forskningsmiljøer på Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet (SUND) i uddannelsen med et obligatorisk kursus i ”Sygdomssystembiologi og Health Data Science”, samt halvdelen af kurset ”Metagenomic analysis of microbiomes”. Der er allerede etableret et samarbejde mellem BIO og DIKU omkring MSc uddannelsen i Bioinformatics, hvilket giver et stærk grundlag for den nye uddannelse og planen er også at inddrage SUND i en fremtidig opkvalificering af den eksisterende MSc. Underviserne på uddannelsen er aktive forskere og i mange tilfælde vil den nyeste forskning blive inddraget.

Kompetenceprofil for uddannelsen
BSc dimittenderne i bioinformatik bliver tværfaglige med kompetencer i biologi, biokemi, genomics, programmering, modellering, machine-learning, dataanalyse, matematik og statistik.

En bachelor i bioinformatik har efter endt uddannelse tilegnet sig følgende:

Viden om biovidenskab og bioinformatik på et niveau, der tillader bacheloren at undersøge, forstå og reflektere over biologiske og bioinformatiske problemstillinger. Desuden en viden om metode og praksis indenfor området, der tillader bacheloren at forstå og reflektere over områdets videnskabelige metoder og deres implementering, samt følge med i originallitteraturen inden for emnerne: biologi, biokemi, molekylærbiologi, genomics, modellering, machine learning og dataanalyse.

Færdigheder, der tillader bacheloren at:

• Anvende et udvalg af bioinformatik software, programmeringsmetoder og informatikteknologi (LINUX computersystemer og eksisterende bioinformatiske værktøjer, Python og R) på et internationalt konkurrencedygtigt niveau.


• Foretage avanceret analyse af high throughput biologisk data.


• Benytte lineær algebra og basal matematisk dataanalyse inkl. brug af specialiserede algoritmer, statistik og machine learning til interdisciplinære faglige formål.


• Vurdere biologiske og medicinale problemstillinger og foreslå analyser og løsningsmetoder.


• Vurdere behov for specifik bioinformatisk analyse, og efterfølgende identificere og udvælge eksisterende bioinformatiske redskaber til løsning af forskningsmæssige biologiske og medicinale problemstillinger, inklusive brug af matematiske, statistiske og datalogiske værktøjer.


• Formidle interdisciplinært skriftligt og mundtligt på både dansk og engelsk således at både forskere med biologisk og/eller datalogisk baggrund vil kunne forstå vigtige pointer.

Kompetencer, der tillader bacheloren at:

• Være i stand til at overskue komplekse og aktuelle biologiske problemstillinger samt deltage i dynamisk problemløsning.


• Mestre et udvalg af relevant bioinformatik software og programmeringsmetoder og anden informatikteknologi på et niveau, der tillader bacheloren både at arbejde selvstændigt samt at indgå i internationalt professionelt bioinformatik samarbejde med forskere med biologisk og datalogisk baggrund.


• Danne bro mellem på den ene side det eksperimentelle og data-genereringen, og på den anden side det analytiske og resultaterne af dataanalysen.


• Forudse hvilke bioinformatiske redskaber, der skal læres, udvikles og benyttes til løsning af den forskningsmæssige problemstilling.


• Selvstændigt søge information til dækning af nye læringsbehov.

Uddannelsen foreslås indplaceret på heltidstakst 3 taxameterniveau, hvor kandidatuddannelsen i Bioinformatics også er indplaceret. Heltidstakst 3 foreslås, da det vil være nødvendigt med computerøvelser i mange af kurserne, hvor det er afgørende at have hjælpelærere til at interagere med de studerende (Python programmering for bioinformatik, Statistik, Algoritmer og datastrukturer, Introduktion til machine learning). Der planlægges desuden en stor indsats for at gøre undervisningen på den nye uddannelse så stærk som muligt, blandt andet ved inddragelse af eksterne aktører og brug af aktive topforskere til undervisningen.

Uddannelsens formål er at rekruttere flere studerende til bioinformatikområdet og levere dimittender til MSc i Bioinformatics (KU). Behovet for uddannelsen skal derfor ses i sammenhæng med den eksisterende kandidatuddannelse, idet virksomhedernes behov er for kandidater i bioinformatik. Det er forventningen, at langt hovedparten af de studerende på den nye uddannelse vil fortsætte på enten MSc Bioinformatics eller MSc Computer Science.

Ifølge en grundig kortlægning af det danske bioinformatikområde (2018) foretaget af Novo Nordisk Fonden (bilag 2.5), er der i Danmark mangel på personer med en “core profil” inden for bioinformatik og der forventes et stigende behov fremover. De brancher, der efterspørger disse personer, er Healthcare (hospitaler), Life Science industry (medicinal og biotek) samt den akademiske verden. Rapporten konkluderer, at der overordnet set er problemer med at rekruttere nok talent inden for bioinformatikområdet. Ifm. vores løbende dialog med Aftagerpanel for Det Biologiske Område har vi konstateret, at denne konklusion stadig er aktuel og at der stadig er høj efterspørgsel på dimittender i bioinformatik, især efter de har færdiggjort deres MSc Computer Science eller MSc Bioinformatics (jf.  bilag 2.2 og 2.5). Der vil også være behov for kvalificerede dimittender til PhD uddannelse i bioinformatik ved universiteter og hospitaler, bl.a. drevet af Novo Nordisk Fondens satsninger på et PhD Academy i data science og initiativer som Genome Denmark. Bioinformatikområdet opretholder vedvarende en høj arbejdsprocent med meget lav ledighed. Oprettelsen af en BSc i Bioinformatik vil gøre det muligt at rekruttere dygtige studerende til bioinformatikområdet og sørge for, at de dimittender, der uddannes, får et fagligt niveau i absolut international topklasse.

-

Størst behov for dimittender er i hovedstadsregionen (Medicon Valley), hvor de fleste Life Science- og biotekfirmaer er koncentreret. Der vil dog også, særligt blandt offentlige aftagere, være et væsentligt behov i andre regioner. Uden en ny analyse af bioinformatikområdet i Danmark, estimeres behovet at stige, og mange medlemmer af aftagerpanelet indikerer større og større problemer med at rekruttere ansatte med ”core” kompetencer i bioinformatik på alle niveauer. Det er svært at angive et præcist og underbygget skøn, da dimittenderne får ansættelse i mange forskellige jobkategorier. Behovet afhænger af hvor hurtigt den nuværende mangel dækkes og hvor hurtigt samfundet udvikler sig på områder, hvor der benyttes digital teknologi til at undersøge biologiske og computertekniske problemstillinger. Det er dog klart, at behovet ikke bliver mindre. Fra dialog med aftagere vurderes første optag på 40 studerende som passende omend muligvis mindre end det reelle behov. Det forventes, at de nye MSc dimittender, som dimitterer i 2029, i større grad vil stå til rådighed for det danske arbejdsmarked ift. de nuværende dimittender pga. rekruttering fra gymnasier og deraf tilknytning til Danmark.

Feedback fra aftagerpanel for det Biologiske Område har været positivt og har bekræftet, at den nye bacheloruddannelse i bioinformatik vil være en relevant tilføjelse til uddannelseslandskabet i Danmark. Aftagerpanelet indeholder repræsentanter for følgende organisationer: Novozymes, Naturstyrelsen, Raven Biosciences, Lægemiddelindustriforeningen (LIF), DLF Trifolium, Dansk Forædling, Chr. Hansen, Novo Nordisk, Chemometec A/S, Symphogen A/S, Novo Nordisk A/S, Pharmadanmark, SNIPRBiome, Amphi Consult, Region Hovedstaden og NIVA Denmark (bilag 2.3).

Ved planlægning af nye kurser vil vi inddrage hovedaftagere inden for de eksterne hovedaftagerområder; hospitaler, medicinalindustri og biotek for at sikre alignment mellem uddannelsen og aftagernes behov. Specifikt vil det eksisterende aftagerpanel for det Biologiske Område blive brugt som udgangspunkt for etablering af en følgegruppe med deltagelse af bioinformatik-afdelingerne hos større danske virksomheder med interesse inden for området.

I bilagene findes en overordnet udtalelse fra aftagerpanelet (bilag 2.2) samt individuelle støtteerklæringer fra repræsentanter fra Raven Biosciences, Novo Nordisk og Pharmadanmark (bilag 2.4).

I opbygning af uddannelsen, er der blevet lagt stor vægt på, at dimittenderne skal opbygge stærke programmerings- og dataanalysekvalifikationer, samt at de opnår en god forståelse for biologien. Mange af de forventede aftagere findes inden for det bioteknologiske og pharmaceutiske område og disse har understreget at en stærk basis i dataanalyse, som er brugbar indenfor mange forskellige områder inkl. det bioinformatiske område, er vigtig. I forbindelse med de årlige møder med aftagerpanelet sikres det, at studielederen er opdateret på aftagernes behov ift. uddannelsens indhold og sikring af erhvervsmæssig relevans.

Der findes ikke bacheloruddannelser i bioinformatik i Danmark, og uddannelsesforslaget vil derfor ikke erstatte en beslægtet uddannelse. Den nærmest beslægtede bacheloruddannelse på KU er bacheloruddannelsen i machine learning og datavidenskab, men der er klare forskelle mht. applikation til biologiske og medicinale problemstillinger. På DTU findes der bacheloruddannelser i ”Biomedical Engineering” og ”Life Science Engineering”, der indeholder begrænset undervisning i bioinformatik. Den nye uddannelse udmærker sig ved at den bygger bro mellem de biologiske uddannelser (Biologi, Biokemi og Molekylær Biomedicin) og datalogiuddannelser (Datalogi, Machine learning og datavidenskab).

Dimittenderne forventes at opnå en meget høj beskæftigelsesgrad fordi kombinationen af biologisk/medicinsk viden og informatik er meget efterspurgt. De seneste mange år er præget af en minimal MSc dimittendledighed på området (BSc ledigheden er ikke undersøgt, men forventes at være endnu mindre, idet langt de fleste fortsætter på en kandidatuddannelse).

-

Det forventes, at den nye bacheloruddannelse i bioinformatik fortrinsvis henvender sig til danske gymnasiestuderende, som har en interesse for datascience. Det kan ikke helt afvises, at der er nogle, der ellers ville have valgt bacheloruddannelsen i molekylær biomedicin, som vil søge ind på uddannelsen. Til gengæld er der også mulighed for at rekruttere studerende som ellers ville have valgt uddannelser som/inden for civilingeniør, medicin, sundhed og informatik og folkesundhedsvidenskab.

Det er vigtigt, at uddannelsen får opbygget høj prestige for at kunne rekruttere blandt de bedste danske gymnasieelever. Det planlægges derfor i samarbejde med relevante erhvervspartnere (Novo Nordisk A/S, Lundbeck, Novozymes, Roche, Leo Pharma, Chr. Hansen) at eksekvere en nøje planlagt PR-kampagne op til de første tilmeldingsfrister for Kvote 1.

Det forventes, at hovedparten af de studerende, der færdiggør bacheloruddannelsen i bioinformatik, vil foresætte på kandidatuddannelsen i Bioinformatics. De studerende vil også have mulighed for at vælge valgfag, der giver adgang til kandidatuddannelsen i Computer Science.

40 studerende. Herefter håbes på et stærkt ansøgerfelt og et godt opbygget lærings- og forskningsmiljø på uddannelsen, så optaget kan udvides til 50 studerende om året jf. standarden på SCIENCE.

-

Redegørelse for sprog på uddannelsen

Uddannelsen vil blive udbudt på dansk, men kan indeholde engelske fagelementer på op til i alt 82,5 ECTS, idet 37,5 ECTS obligatoriske fagelementer er på engelsk og 30 ECTS begrænset valgfrihed samt bachelorprojekt på 15 ECTS kan være engelsksprogede fagelementer. Der er følgende begrundelser og fordele ved at udbyde engelske fagelementer som supplement til de danske fagelementer:

1. For bioinformatikstuderende med dansk som modersmål er det en klar fordel at modtage en del af deres undervisning på engelsk. Dette er tilfældet, fordi mange fagudtryk indenfor bioinformatik er engelske og arbejdssproget for de fleste af de studerende vil være engelsk på grund af at bioinformatik er et meget internationalt/globalt fagområde.


2. Ved sammensætningen af studieplanen er der fokus på, at den overordnede sproglige identitet er dansk. Men fordi adskillige af de nuværende ansatte kun underviser på højt niveau på engelsk, er relevans og stærk faglighed prioriteret over sprog i de tilfælde, hvor engelske fagelementer er valgt.


3. Vedvarende rekruttering af undervisere og topforskere inden for bioinformatik samt sikring af det faglige niveau på uddannelsen lettes ved at nogle af fagelementerne er udbudt på engelsk.